作为医疗卫生服务体系的主体，公立医院改革是医改的核心。营口市积极组织制订《区域卫生规划》和《医疗机构设置规划》，在市直属医院“六并三”（原市二院与市中心医院合并成新的市中心医院，原市传染病医院与市结核病防治院合并成新的市三院，原市中西医结合医院与市中医院合并成新的市中医院）的基础上，进一步合理优化公立医院的资源配置，以方便百姓就医。此外，营口市妇产儿童医院与老边区医院重组后的营口市新的第二人民医院，设置编制床位800张，总投资4.59亿元，目前主体工程已接近尾声；建筑面积2.4万平方米的营口市精神病医院新址大楼也即将开工建设。
同时，营口市进一步巩固和深化了三级医院对口支援县级医院的长期合作帮扶机制。从2009年到2011年，全市共派出111名医护人员支援县级医院、县级中医院和15所乡镇卫生院、社区服务中心；开展卫生下乡活动，组织医护人员下乡巡回医疗，让百姓就近看病。与此同步，营口市在所有二级以上医院实行两种以上形式的预约诊疗服务，优化门诊诊疗流程、简化就医手续，推行双休日和节假日门诊，让百姓方便就医。
此外，营口市在17家二级以上医院开展优质护理服务示范工程活动，占二级以上医院的77%；在12个病区开展优质护理服务工作，达到病区总数的50%；在市中心医院、大石桥市中心医院和开发区中心医院推行电子病历制度；确定了14家二级以上医院实施同级检验、医学影像结果互认制度；全市二级以上综合医院全部开展临床路径管理工作，每所三级医院病种不少于20个、每所二级医院病种不少于10个，有效避免了过度医疗。
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